معتصم عباسی برای کنترل و مراقبت بیشتر امام محمد تقی(ع) ایشان را از مدینه به بغداد تبعید کرد.

امام(ع) ناچار عازم بغداد شد و فرزندش امام علی‌النقی(ع) را در مدینه جانشین خود نمود و به همراه همسرش ام‌الفضل به بغداد رفت.

امام محمد تقی(ع) روز 28 محرم سال 220 هجری قمری وارد بغداد شد.

معتصم عباسی در باطن، نسبت به آن حضرت و تمام خاندان عصمت و اهل بیت(ع) و شیعیان آنان دشمنی داشت و با بهانه‌هایی محدودیت‌های تازه‌ای برای آنان قائل می‌شد.

امام محمد تقی(ع) در این سفر، چند ماهی بیشتر در بغداد زندگی نکرد.
سرانجام در آخر ذی‌القعده سال 221 هجری قمری به وسیله زهری که همسرش ام‌الفضل به تحریک برادرش جعفربن مأمون و به دستور عمویش معتصم عباسی به آن حضرت خوراند مسموم شد و پس از چندی به شهادت رسید.

امام جواد(ع) دوبار به بغداد سفر نمود بار نخست بنا به دعوت مأمون عباسی پس از شهادت امام رضا(ع) از خراسان عازم عراق گردید و در محرم 215 هجری قمری همزمان با تجهیز نیروی نظامی سپاه مأمون برای نبرد با رومیان، وارد بغد

امام محمد تقی(ع) تنها پسر امام رضا(ع) از دوران کودکی در مکتب عدالت پروری، حقیقت‌جویی پدرش بهره‌های بسیار یافت و از کودکی الگوی بزرگ و مناسبی در تمام فضایل انسانی و اسلامی بود.

آن حضرت(ع) در طول عمر با برکت و کوتاه مدت خویش دوبار به بغداد مسافرت نمود که هر دو مصادف با ماه محرم بود.